1987 yılında dalgıç Kihachiro Aratake tarafından keşfedilen bu yapı, bazı araştırmacılara göre 8.000 yıl öncesine ait insan yapımı bir şehir kalıntısı olabilir.
Harabeler, devasa taş bloklar, basamaklı yapılar ve platformlardan oluşuyor. Taşların geometrik düzeni ve bazı basamakların birbirine çok düzgün bir şekilde uyum sağlaması, yapıların doğal oluşum değil, bilinçli olarak inşa edildiği fikrini güçlendiriyor. Ancak bazı jeologlar, bu şekillerin doğal jeolojik hareketler sonucu oluştuğunu savunuyor.
Yonaguni Harabeleri’nin en dikkat çekici bölümlerinden biri, “T” şeklinde taş yapılar ve masif dikdörtgen platformlardır. Bu yapıların, eski bir uygarlığın tapınakları, yolları veya sosyal alanları olabileceği öne sürülüyor. Yapının derinliği ve deniz akıntıları, araştırmaları oldukça zorlaştırıyor.
Harabeler, hem arkeologların hem de dalış tutkunlarının ilgisini çekiyor. Eğer yapı gerçekten insan yapımıysa, bu durum tarih öncesi Japonya’daki uygarlıklar hakkında bildiklerimizi tamamen değiştirebilir. Yonaguni, gizemi ve tartışmalı doğasıyla bilim dünyasının en ilgi çekici su altı sırlarından biri olmaya devam ediyor.